ابن حجر هیثمى» مىنویسد:
"محمد باقر به اندازهاى گنجهاى پنهان معارف و دانشها را آشكار ساخته، حقایق احكام و حكمتها و لطایف دانشها را بیان نموده كه جز بر عناصر بى بصیرت یا بد سیرت پوشیده نیست و از همینجاست كه وى را شكافنده و جامع علوم، و برافرازنده پرچم دانش خواندهاند."
در مقام علمی پنجمین امام شیعیان همین بس که در شان او «عبدالله بن عطأ» كه یكى از شخصیتهاى برجسته و دانشمندان بزرگ عصر امام بود، مىگوید: "من هرگز دانشمندان اسلام را در هیچ محفل و مجمعى به اندازه محفل محمد بن على (ع) از نظرعلمى حقیر و كوچك ندیدم. من «حكم بن عتیبه» را كه در علم و فقه مشهور آفاق بود، دیدم كه در خدمت محمد باقر(ع) مانند كودكى در برابر استاد عالی مقام، زانوى ادب بر زمین زده شیفته و مجذوب كلام و شخصیت او گردیده بود.
کرامتی از حضرت
چشمهایی که بینا شد
ابوبصير می گويد: به امام باقرعليه السلام عرض كردم چه اندازه حاجيها فراوانند و فرياد و غوغاى بزرگى است.
امام عليه السلام فرمود: بلكه بگو چه اندازه غوغا بسيار است و حاجى كم است. آيا دوست دارى راستى آنچه را گفتم بدانى و آشكارا مشاهده كنى؟ آنگاه امام دست بر چشمهاى ابوبصير كشيد و دعاهائى كرد كه چشمهاى او باز شد و به او فرمود: به حجاج نگاه كن! ابوبصير گويد: نگاه كردم اكثر آنها ميمون و خوك هستند و مومن در بين آنها همانند ستارهاى درخشان در تاريكى است. آنگاه گفتم: راست گفتى اى مولاى من چه اندازه حاجى كم و فرياد و غوغا بسيار است. سپس امامعليه السلام دعايى كرد و چشمهاى ابوبصير به حال اول بازگشت
جلوه ای از هیبت
نقل است يكى از همراهان هشام بن عبدالملك خليفه اموى، به هنگام حج، چون توجّه و احترام مردم به آن حضرت را مى بيند، تصميم مى گيرد با طرح سؤالى او را شرمنده كند وچون نزد آن گرامى مى رسد و چشمش به آن حضرت مى افتد تنش به لرزه در مى آيد ورنگش مى پرد و زبانش بند مى آيد.
آن حضرت در ميان مردم از متواضع ترين آنان به شمار مى آمد، ولى درمقابل ستمكاران شجاعانه مى ايستاد و از حقّ و حقيقت دفاع مى نمود. در مجلسى نزد هشام درحالى كه در كنار او و بر تخت او نشسته بود، در پاسخ هشام، حقانيّت خانواده خود رااثبات كرد هشام از پاسخ امام چنان به خشم آمد كه صورتش سرخ شد و چشمانش برگشت.
جلوه ای از سجایای اخلاق
سخاوت و بخشش
بسيارى كسان به اميد بهره مندى از جود و كرمش به سويش مى شتافتند و هيچ يك نااميد برنمى گشتند. هر كس به خانه اش مى آمد، بيرون نمى رفت، مگر آن كه غذايش مى داد و لباس نيكويش مى پوشاند و مبلغى به او مى بخشيد. و مي فرمود: نيكى، فقر را مى زدايد و بر عمر مى افزايد و از مرگ بد پيشگيرى مى كند.
حلم و صبر و شكيبايى
از بارزترين صفات ایشان صفت صبر و بردبارى آن حضرت بود.
نقل كرده اند كه مردى نامسلمان (نصرانى) كه از امام باقرعليه السلام كينه داشت، روزى به آن حضرت برخورد نموده و بناى بدگويى را آغاز كرد و گفت: تو بقر(گاو) هستى. امام عليه السلام با آرامش خاصّى فرمود: من باقرم. مجدداً گفت تو فرزند زنى آشپز هستى! امام فرمود اين حرفه او بوده است. مرد نصرانى با گستاخي بيشتر گفت: تو فرزند زنى سياه چرده و زنگى و... هستى! امام عليه السلام فرمود اگرتو راست مى گويى و مادرم آن گونه كه تو توصيف مى كنى بوده است، پس از خداوند مى خواهم او را بيامرزد، و اگر ادعاهاى تو دروغ و بى اساس است، پس از خداوند مي خواهم كه تو را بيامرزد! مرد نصرانى كه حلم و صبر آن حضرت را مشاهده كرد، و ديد عليرغم اينكه پايگاهى بزرگ در اجتماع دارد و داراى صدها شاگرد مى باشد به جاى مقابله به مثل، چون كوه، صبر و حلم بكار برد. خود را شكست خورده ديد و از گفته هاى خود عذرخواهى نمود و اسلام آورد.
گزيده اى از روايات
دانشمندى كه از علمش بهره برده شود، بهتر از هفتاد هزار عابد است.
هر كه به مردم درسى از هدايت آموزد، مانند پاداش ايشان دارد بدون اين كه از پاداش آنانچيزى كم شود و كسى كه به مردم درسى از گمراهى آموزد، مانند گناه ايشان بر گردنش افتد، بى اين كه از گناه آنان چيزى كم شود.
زكات علم اين است كه آن را به بندگان خدا بياموزى.
علم خزينه ها دارد كه كليدهايش پرسش است. بپرسيد كه خداوند شما را رحمت كند. درباره علم چهار كس پرسنده و پاسخ دهنده و شنونده و دوستار آنان ثواب مى برد.
كمال انسان و نهايت كمالش دانشمند شدن در دين و صبر در بلا و ميانه روى در زندگي است.
هر كه علم جويد براى اين كه بر علما ببالد يا بر سفها ستيزد يا مردم را متوجّه خود كند،در آتش دوزخ جاى مى گيرد و همانا رياست جز براى اهلش شايسته نيست.
هر كه ندانسته و رهبرى نشده به مردم فتوا دهد، فرشتگان رحمت و فرشتگان عذاب او را لعنت كنند، و گناه آن كه به فتوايش عمل كند، دامنگيرش شود.
هيچ بنده اى، دانشمند نمى شود مگر اين كه به كسى كه بالا دست او است، حسادت نورزد و كسى را كه پايين تر از او است، تحقير نكند.
به خداى سوگند، مرگ دانشمند براى ابليس بسى محبوب تر از مرگ هفتاد عابد است. و دانشمندى كه مردم از دانش او بهره گيرند، از هزار عابدافضل است.
هر كس در طلب مال دنيا باشد تا از مردم بى نياز شود و وسيله آسايش خانواده خود رافراهم سازد و به همسايگان نيكى كند روز رستاخيز چهره اش مثل ماه شب چهارده درخشان خواهد بود.
كسى مى تواند به حق، عبادت خداوند را به جا آورد كه به او معرفت داشته باشد و خدارا به درستى و شايستگى بشناسد و امّا كسى كه شناخت درستى درباره ذات مقدّس اوندارد، خدا را همانند اين مردم گمراه (به طور سطحى) عبادت مى كند.